2024Genome biology25 (1) : 228
Real-time identification of epistatic interactions in SARS-CoV-2 from large genome collections
Innocenti G, Obara M, Costa B, Jacobsen H, Katzmarzyk M, Cicin-Sain L, Kalinke U, Galardini M
Prof. Dr. Marco Galardini
Forschungsgruppenleiter
Projekte
AG Galardini
Bakteriologie
Prüfung der Auswirkungen des genetischen Hintergrunds auf die antimikrobielle Resistenz
Populationsgenetische Studien zeigen, dass genetische Variabilität zwischen Bakterienstämmen die Entwicklung antimikrobieller Resistenzen beeinflussen kann. Durch den Einsatz der automatisierten Laborevolution (ALE) untersuchen wir, wie genetische Hintergründe die AMR-Evolution steuern.
AG Galardini
Bakteriologie
Untersuchungen von Genotyp zu Phänotyp bei Bakterien
Durch die Anwendung statistischer Genetikmethoden auf Erregergenomsequenzen wollen wir genetische Determinanten von Phänotypen wie Pathogenität, Virulenz und Antibiotikaresistenz identifizieren und validieren, z.B. bei E. coli und P. aeruginosa.
AG Galardini
Bakteriologie
Pangenomweite Vorhersage der Genfunktion
Dank Hochdurchsatz-Sequenzierung lassen sich Genomsequenzen Hunderter Bakterienstämme effizient analysieren, wodurch Unterschiede von bis zu 60 % im Gengehalt, wie bei E. coli, erkennbar sind. Mithilfe maschinellen Lernens wollen wir Funktionen akzessorischer Gene besser vorhersagen und deren Beitrag zum Überleben in spezialisierten Nischen entschlüsseln.
Publikationen
2024Nature communications15 (1) : 952
Anti-CRISPR Anopheles mosquitoes inhibit gene drive spread under challenging behavioural conditions in large cages
D'Amato R, Taxiarchi C, Galardini M, Trusso A, Minuz R, Grilli S, Somerville A, Shittu D, Khalil A, Galizi R, Crisanti A, Simoni A, Müller R
2023Microbial genomics9 (11) : 001129
Reduced ambiguity and improved interpretability of bacterial genome-wide associations using gene-cluster-centric k-mers
Sommer H, Djamalova D, Galardini M
Mitteilungen
Neue Forschergruppe "Systembiologie Mikrobieller Gemeinschaften" am TWINCORE gestartet
RESIST-Professur für Marco Galardini
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Mehr als die Summe der Teile
TWINCORE-Forschende zeigen die Rolle epistatischer Interaktion bei der Omicron-Variante des SARS-CoV-2-Virus
weiterlesenWie wird ein Darmkeim zum Krankheitserreger?
Wissenschaftler suchen nach Zusammenhang zwischen Bakteriengenen und Krankheitsschwere
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