Bakteriologie

AG Galardini

Marco Galardini
Leitung

Prof. Dr. Marco Galardini

Forschungsfokus

Das Aufkommen der Molekularbiologie hat die Biologie an die Spitze der modernen Wissenschaft katapultiert. Technologische Fortschritte wie die schnelle und kostengünstige DNA-Sequenzierung ebnen den Weg für Präzisionsmedizin und synthetische Biologie, die in klinischen und industriellen Anwendungen allgegenwärtig sein werden. Um die Entwicklung dieser Technologien in der täglichen Praxis voranzutreiben, ist Grundlagenforschung erforderlich. Die Mikrobiologie ist einer der Bereiche, die am meisten von dieser technologischen Beschleunigung profitieren könnten. So erfordert beispielsweise die Zunahme der Antibiotikaresistenz (AMR) die Entwicklung neuer Ansätze zur Vorhersage der Resistenzentwicklung und zu deren Verhinderung. Eine auf Sequenzierung basierende Überwachung und evolutionäre Modelle, die intelligentere Behandlungsstrategien ermöglichen, sind daher dringend erforderlich. Gleichzeitig erfordert die Anerkennung der Rolle des Mikrobioms für die menschliche Gesundheit und als mögliche Behandlungsstrategie für Infektionen ein tieferes ökologisches und funktionelles Verständnis. Insbesondere die Entwicklung von Behandlungsmethoden setzt die Kenntnis der molekularen und metabolischen Funktionen voraus, die in den Genomen der einzelnen Mitglieder des Mikrobioms kodiert sind. Kurz gesagt, wir müssen die funktionelle und evolutionäre Interpretation der genomischen Sequenzen erheblich verbessern, während sie gleichzeitig produziert werden. Diese Herausforderungen lassen sich mit einem datenintensiven Ansatz, der durch molekulare Hochdurchsatztechniken und computergestützte Biologie begünstigt wird, wirksam bewältigen.

Finanzierung

  • RESIST
  • DFG (GA 3191/1-1 / HA 3299/8-1) “Einfluss der COVID-19 Pandemie Hygiene- und Abstandsregeln auf die Übertragung Gram-negativer multiresistenter Erreger in Krankenhäusern”

Prof. Dr. Marco Galardini ist Mitglied im Exzellenzcluster RESIST

In diesem Video beschreibt er seine Forschungsinteressen in RESIST. Weiterführende Infos über Marco Galardini in RESIST finden Sie hier.

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Stellenausschreibungen

Doktorandenstelle im Bereich Bioinformatik

Wir suchen eine*n Kandidat*in für eine Doktorandenstelle im Bereich Bioinformatik, dessen Hauptaufgabe darin besteht, besser zu verstehen, welche genetischen Elemente („Gene“) bakterielle Krankheitserreger wie E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa und E. faecium virulent und resistent gegen Antibiotika machen. Wir haben tatsächlich Methoden entwickelt (hier und hier) entwickelt, um genau zu diesem Zweck eine große Anzahl von Bakteriengenomen zu durchsuchen (siehe hier, hier und hier) verfügbar, und es wird Aufgabe des Bewerbers sein, diese Methoden so anzuwenden und zu verbessern, dass sie auf eine noch größere Anzahl von Genomen angewendet werden können. Wir sind auch besonders daran interessiert, mehr Methoden des maschinellen Lernens zu implementieren und molekulare Phänotypen wie Genexpression und Proteomik zu integrieren.Unser Labor ist Teil des Exzellenzclusters RESIST an der Medizinischen Hochschule Hannover (MHH) und wir sind Teil eines Kooperationsprojekts mit Susanne Häußler und Meike Stiesch beteiligt, um genetische Determinanten der Pathogenität und Virulenz bei lebensbedrohlichen bakteriellen Infektionen zu identifizieren.Wir suchen einen Kandidaten mit einem starken rechnerischen Hintergrund und relevanten technischen Fähigkeiten:Starker Hintergrund in Computational Biology, Bioinformatik, Informatik oder einem verwandten Bereich.Erfahrung mit Programmiersprachen wie Python und Workflow-Management-Systemen wie Snakemake.Vertrautheit mit Techniken und Bibliotheken des maschinellen Lernens (z. B. scikit-learn, TensorFlow, PyTorch).Kenntnisse der bakteriellen Genomik und verwandter bioinformatischer Werkzeuge.Erfahrung mit Hochleistungsrechnen (HPC).Erfahrung mit Versionskontrollsystemen (z. B. git) und Best Practices in der Softwareentwicklung.Erfahrung mit statistischer Analyse und Datenvisualisierung.Wir bieten eine voll finanzierte Doktorandenstelle für etwas mehr als 3 Jahre, beginnend im Februar 2026. Der Student wird in das Biomedas-Graduiertenprogramm aufgenommen, das einen speziell für Studenten der Bioinformatik entwickelten Lehrplan bietet. Das Labor befindet sich im Twincore, eingebettet in einen großen wissenschaftlichen Campus, zu dem auch die Medizinische Hochschule Hannover und das Zentrum für Individualisierte Infektionsmedizin (CiiM) umfasst. Wir sind auch Teil des Helmholtz-Zentrums für Infektionsforschung (HZI), das zahlreiche Möglichkeiten zur Zusammenarbeit bietet.